Desaparición de Biodiversidad
La contaminación genética pone en peligro variedades y especies cultivadas tradicionalmente. El aumento del uso de productos químicos eliminan o afectan gravemente a la flora y a la fauna no objetivo.
El incremento del uso de pesticidas aumenta la contaminación químicaCon las plantas tolerantes a herbicidas, el agricultor puede usar mayores cantidades de agrotóxicos para acabar con las llamadas "malas hierbas". Hoy por hoy existen datos que demuestran que, debido a esto, se están utilizando muchos más pesticidas en los cultivos transgénicos que en los convencionales.La presencia de glifosato (el herbicida asociado a la soja transgénica RR de Monsanto) en el suelo, en las aguas y en los alimentos es cada vez mayor.En cuanto a las plantas Bt, no se ha verificado una reducción del uso de agroquímicos. Sin embargo han aparecido plagas resistentes al Bt con el consiguiente perjuicio para la agricultura ecológica.
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